يجوز -عند الحاجة- استثناء أعمال أو مشتريات الجهات الحكومية من بعض أحكام النظام، وفق الضوابط الآتية: 1- أن يكون الاستثناء محدد المدة أو خاصًّا بأعمال أو مشتريات بعينها أو بفئة محددة من الأعمال والمشتريات. 2- أن تقوم الجهة الحكومية بإعداد طلب الاستثناء متضمنًا العناصر الآتية: أ- تحديد محل الاستثناء من النظام. ب- بيان الصعوبات والعوائق المتحققة من تطبيق الأحكام المراد الاستثناء منها. ج- بيان أسباب طلب الاستثناء ومسوغاته وأهدافه. د- بيان جميع الآثار المالية والاقتصادية المترتبة في حال الموافقة على طلب الاستثناء، ومن ذلك الآثار المترتبة على المحتوى المحلي وعلى تحقيق كفاءة الإنفاق. هـ- تحديد الأحكام البديلة التي ستطبقها الجهة في حال الموافقة على طلب الاستثناء. ويرفع طلب الاستثناء إلى رئيس مجلس الوزراء لتكوين لجنة لا يقل عدد أعضائها عن ثلاثة يكون منهم الوزير ورئيس مجلس إدارة الهيئة ورئيس الجهة الحكومية طالبة الاستثناء لدراسة الموضوع، وتَرفع بما تنتهي إليه إلى رئيس مجلس الوزراء لتقرير ما يراه.