تُنشأ أمانة عامة للجان المشار إليها في المادتين (الرابعة والثمانين) و(السابعة والثمانين) من النظام، تسمى (الأمانة العامة للجان نظام المنافسات والمشتريات الحكومية) ويكون لها ميزانية تشغيلية سنوية ضمن ميزانية الوزارة، ويصدر قرار من الوزير بتعيين أمينها العام، ويحدد القرار قواعد عملها وإجراءاتها.