للصندوق ذمة مالية مستقلة، وتديره - وفقًا لأحكام هذا النظام - مصلحة معاشات التقاعد وهي مصلحة مستقلة تمول من الصندوق وترتبط إداريًّا بوزارة المالية والاقتصاد الوطني، وسنتها المالية هي السنة المالية للدولة. ويجوز لمجلس الوزراء بقرار منه أن يعهد للمصلحة المذكورة تنفيذ أي نظام آخر للتقاعد.